Conjoint Triad Descriptor
References
J.W. Shen, J. Zhang, X.M. Luo, W.L. Zhu, K.Q. Yu, K.X. Chen, Y.X. Li, H.L. Jiang. Predicting Protein-protein Interactions Based Only on Sequences Information. Proceedings of the National Academy of Sciences. 007, 104, 4337--4341.
Examples
x = readFASTA(system.file('protseq/P00750.fasta', package = 'Rcpi'))[[1]]
extractProtCTriad(x)
#> VS111 VS211 VS311 VS411 VS511 VS611 VS711 VS121 VS221 VS321 VS421 VS521 VS621
#> 0.1 0.3 0.6 0.2 0.4 0.0 0.3 1.0 0.6 0.5 0.0 0.2 0.3
#> VS721 VS131 VS231 VS331 VS431 VS531 VS631 VS731 VS141 VS241 VS341 VS441 VS541
#> 0.0 0.2 0.4 0.5 0.2 0.3 0.3 0.1 0.3 0.3 0.2 0.2 0.0
#> VS641 VS741 VS151 VS251 VS351 VS451 VS551 VS651 VS751 VS161 VS261 VS361 VS461
#> 0.1 0.2 0.2 0.2 0.5 0.1 0.2 0.0 0.0 0.1 0.4 0.2 0.3
#> VS561 VS661 VS761 VS171 VS271 VS371 VS471 VS571 VS671 VS771 VS112 VS212 VS312
#> 0.2 0.0 0.1 0.1 0.3 0.1 0.0 0.1 0.0 0.1 0.8 0.4 0.4
#> VS412 VS512 VS612 VS712 VS122 VS222 VS322 VS422 VS522 VS622 VS722 VS132 VS232
#> 0.6 0.1 0.5 0.2 0.8 0.5 0.2 0.3 0.2 0.0 0.2 0.1 0.3
#> VS332 VS432 VS532 VS632 VS732 VS142 VS242 VS342 VS442 VS542 VS642 VS742 VS152
#> 0.3 0.4 0.2 0.0 0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 0.2 0.1 0.1 0.3
#> VS252 VS352 VS452 VS552 VS652 VS752 VS162 VS262 VS362 VS462 VS562 VS662 VS762
#> 0.3 0.2 0.2 0.2 0.3 0.0 0.2 0.0 0.3 0.2 0.1 0.0 0.2
#> VS172 VS272 VS372 VS472 VS572 VS672 VS772 VS113 VS213 VS313 VS413 VS513 VS613
#> 0.2 0.0 0.1 0.2 0.1 0.0 0.0 0.3 0.2 0.3 0.1 0.5 0.1
#> VS713 VS123 VS223 VS323 VS423 VS523 VS623 VS723 VS133 VS233 VS333 VS433 VS533
#> 0.0 0.4 0.4 0.5 0.2 0.3 0.1 0.0 0.2 0.5 0.1 0.4 0.4
#> VS633 VS733 VS143 VS243 VS343 VS443 VS543 VS643 VS743 VS153 VS253 VS353 VS453
#> 0.3 0.3 0.1 0.0 0.4 0.5 0.1 0.3 0.2 0.6 0.2 0.1 0.1
#> VS553 VS653 VS753 VS163 VS263 VS363 VS463 VS563 VS663 VS763 VS173 VS273 VS373
#> 0.1 0.2 0.0 0.4 0.1 0.2 0.2 0.1 0.1 0.0 0.1 0.1 0.3
#> VS473 VS573 VS673 VS773 VS114 VS214 VS314 VS414 VS514 VS614 VS714 VS124 VS224
#> 0.1 0.1 0.2 0.0 0.1 0.4 0.2 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1 0.4
#> VS324 VS424 VS524 VS624 VS724 VS134 VS234 VS334 VS434 VS534 VS634 VS734 VS144
#> 0.0 0.3 0.2 0.2 0.3 0.4 0.4 0.3 0.1 0.2 0.0 0.1 0.2
#> VS244 VS344 VS444 VS544 VS644 VS744 VS154 VS254 VS354 VS454 VS554 VS654 VS754
#> 0.3 0.3 0.4 0.1 0.0 0.1 0.3 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2
#> VS164 VS264 VS364 VS464 VS564 VS664 VS764 VS174 VS274 VS374 VS474 VS574 VS674
#> 0.0 0.2 0.2 0.0 0.1 0.2 0.0 0.2 0.0 0.3 0.3 0.0 0.0
#> VS774 VS115 VS215 VS315 VS415 VS515 VS615 VS715 VS125 VS225 VS325 VS425 VS525
#> 0.0 0.4 0.5 0.3 0.2 0.0 0.2 0.0 0.5 0.0 0.0 0.4 0.3
#> VS625 VS725 VS135 VS235 VS335 VS435 VS535 VS635 VS735 VS145 VS245 VS345 VS445
#> 0.1 0.0 0.2 0.0 0.5 0.1 0.0 0.3 0.0 0.3 0.1 0.1 0.0
#> VS545 VS645 VS745 VS155 VS255 VS355 VS455 VS555 VS655 VS755 VS165 VS265 VS365
#> 0.2 0.1 0.0 0.1 0.1 0.1 0.2 0.0 0.0 0.0 0.2 0.1 0.1
#> VS465 VS565 VS665 VS765 VS175 VS275 VS375 VS475 VS575 VS675 VS775 VS116 VS216
#> 0.1 0.0 0.1 0.0 0.0 0.1 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.4
#> VS316 VS416 VS516 VS616 VS716 VS126 VS226 VS326 VS426 VS526 VS626 VS726 VS136
#> 0.1 0.1 0.1 0.2 0.0 0.0 0.1 0.1 0.2 0.2 0.2 0.1 0.1
#> VS236 VS336 VS436 VS536 VS636 VS736 VS146 VS246 VS346 VS446 VS546 VS646 VS746
#> 0.2 0.3 0.2 0.1 0.0 0.3 0.1 0.3 0.2 0.0 0.1 0.1 0.0
#> VS156 VS256 VS356 VS456 VS556 VS656 VS756 VS166 VS266 VS366 VS466 VS566 VS666
#> 0.0 0.2 0.0 0.2 0.0 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.0 0.1 0.2
#> VS766 VS176 VS276 VS376 VS476 VS576 VS676 VS776 VS117 VS217 VS317 VS417 VS517
#> 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0 0.1 0.1 0.0 0.4 0.1 0.0 0.0
#> VS617 VS717 VS127 VS227 VS327 VS427 VS527 VS627 VS727 VS137 VS237 VS337 VS437
#> 0.1 0.0 0.2 0.2 0.1 0.0 0.0 0.1 0.0 0.3 0.1 0.2 0.2
#> VS537 VS637 VS737 VS147 VS247 VS347 VS447 VS547 VS647 VS747 VS157 VS257 VS357
#> 0.1 0.2 0.0 0.2 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.1 0.1 0.2
#> VS457 VS557 VS657 VS757 VS167 VS267 VS367 VS467 VS567 VS667 VS767 VS177 VS277
#> 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1
#> VS377 VS477 VS577 VS677 VS777
#> 0.0 0.0 0.1 0.0 0.0