Tripeptide Composition Descriptor

This function calculates the Tripeptide Composition descriptor (dim: 8,000).

Usage

extractTC(x)

Arguments

x

A character vector, as the input protein sequence.

Value

A length 8,000 named vector

References

M. Bhasin, G. P. S. Raghava. Classification of Nuclear Receptors Based on Amino Acid Composition and Dipeptide Composition. Journal of Biological Chemistry, 2004, 279, 23262.

See also

See extractAAC and extractDC for Amino Acid Composition and Dipeptide Composition descriptors.

Author

Nan Xiao <https://nanx.me>

Examples

x <- readFASTA(system.file("protseq/P00750.fasta", package = "protr"))[[1]]
extractTC(x)
#>         AAA         RAA         NAA         DAA         CAA         EAA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QAA         GAA         HAA         IAA         LAA         KAA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MAA         FAA         PAA         SAA         TAA         WAA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         YAA         VAA         ARA         RRA         NRA         DRA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         CRA         ERA         QRA         GRA         HRA         IRA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         LRA         KRA         MRA         FRA         PRA         SRA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TRA         WRA         YRA         VRA         ANA         RNA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NNA         DNA         CNA         ENA         QNA         GNA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HNA         INA         LNA         KNA         MNA         FNA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PNA         SNA         TNA         WNA         YNA         VNA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         ADA         RDA         NDA         DDA         CDA         EDA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QDA         GDA         HDA         IDA         LDA         KDA 
#> 0.000000000 0.001785714 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MDA         FDA         PDA         SDA         TDA         WDA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         YDA         VDA         ACA         RCA         NCA         DCA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         CCA         ECA         QCA         GCA         HCA         ICA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         LCA         KCA         MCA         FCA         PCA         SCA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TCA         WCA         YCA         VCA         AEA         REA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NEA         DEA         CEA         EEA         QEA         GEA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HEA         IEA         LEA         KEA         MEA         FEA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         PEA         SEA         TEA         WEA         YEA         VEA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         AQA         RQA         NQA         DQA         CQA         EQA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QQA         GQA         HQA         IQA         LQA         KQA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MQA         FQA         PQA         SQA         TQA         WQA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.001785714 
#>         YQA         VQA         AGA         RGA         NGA         DGA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         CGA         EGA         QGA         GGA         HGA         IGA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         LGA         KGA         MGA         FGA         PGA         SGA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.003571429 
#>         TGA         WGA         YGA         VGA         AHA         RHA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NHA         DHA         CHA         EHA         QHA         GHA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HHA         IHA         LHA         KHA         MHA         FHA 
#> 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PHA         SHA         THA         WHA         YHA         VHA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         AIA         RIA         NIA         DIA         CIA         EIA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.003571429 0.000000000 0.000000000 
#>         QIA         GIA         HIA         IIA         LIA         KIA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MIA         FIA         PIA         SIA         TIA         WIA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         YIA         VIA         ALA         RLA         NLA         DLA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         CLA         ELA         QLA         GLA         HLA         ILA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         LLA         KLA         MLA         FLA         PLA         SLA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TLA         WLA         YLA         VLA         AKA         RKA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NKA         DKA         CKA         EKA         QKA         GKA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HKA         IKA         LKA         KKA         MKA         FKA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 
#>         PKA         SKA         TKA         WKA         YKA         VKA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         AMA         RMA         NMA         DMA         CMA         EMA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QMA         GMA         HMA         IMA         LMA         KMA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MMA         FMA         PMA         SMA         TMA         WMA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         YMA         VMA         AFA         RFA         NFA         DFA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         CFA         EFA         QFA         GFA         HFA         IFA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.001785714 
#>         LFA         KFA         MFA         FFA         PFA         SFA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TFA         WFA         YFA         VFA         APA         RPA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NPA         DPA         CPA         EPA         QPA         GPA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HPA         IPA         LPA         KPA         MPA         FPA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PPA         SPA         TPA         WPA         YPA         VPA 
#> 0.001785714 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         ASA         RSA         NSA         DSA         CSA         ESA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QSA         GSA         HSA         ISA         LSA         KSA 
#> 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 
#>         MSA         FSA         PSA         SSA         TSA         WSA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         YSA         VSA         ATA         RTA         NTA         DTA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         CTA         ETA         QTA         GTA         HTA         ITA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         LTA         KTA         MTA         FTA         PTA         STA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 
#>         TTA         WTA         YTA         VTA         AWA         RWA 
#> 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#>         LER         KER         MER         FER         PER         SER 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 
#>         TER         WER         YER         VER         AQR         RQR 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#>         HND         IND         LND         KND         MND         FND 
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#>         PND         SND         TND         WND         YND         VND 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         ADD         RDD         NDD         DDD         CDD         EDD 
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#>         NED         DED         CED         EED         QED         GED 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#>         LFD         KFD         MFD         FFD         PFD         SFD 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TFD         WFD         YFD         VFD         APD         RPD 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 
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#>         ASD         RSD         NSD         DSD         CSD         ESD 
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#>         NAC         DAC         CAC         EAC         QAC         GAC 
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#>         HAC         IAC         LAC         KAC         MAC         FAC 
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#>         ARC         RRC         NRC         DRC         CRC         ERC 
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#>         QRC         GRC         HRC         IRC         LRC         KRC 
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#>         MRC         FRC         PRC         SRC         TRC         WRC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.003571429 0.000000000 0.000000000 
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#>         CNC         ENC         QNC         GNC         HNC         INC 
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#>         LNC         KNC         MNC         FNC         PNC         SNC 
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#>         TNC         WNC         YNC         VNC         ADC         RDC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NDC         DDC         CDC         EDC         QDC         GDC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HDC         IDC         LDC         KDC         MDC         FDC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PDC         SDC         TDC         WDC         YDC         VDC 
#> 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         ACC         RCC         NCC         DCC         CCC         ECC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QCC         GCC         HCC         ICC         LCC         KCC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.001785714 
#>         MCC         FCC         PCC         SCC         TCC         WCC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         YCC         VCC         AEC         REC         NEC         DEC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         CEC         EEC         QEC         GEC         HEC         IEC 
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#>         LEC         KEC         MEC         FEC         PEC         SEC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#>         NQC         DQC         CQC         EQC         QQC         GQC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HQC         IQC         LQC         KQC         MQC         FQC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PQC         SQC         TQC         WQC         YQC         VQC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         AGC         RGC         NGC         DGC         CGC         EGC 
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#>         QGC         GGC         HGC         IGC         LGC         KGC 
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#>         MGC         FGC         PGC         SGC         TGC         WGC 
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#>         LHC         KHC         MHC         FHC         PHC         SHC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         THC         WHC         YHC         VHC         AIC         RIC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NIC         DIC         CIC         EIC         QIC         GIC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HIC         IIC         LIC         KIC         MIC         FIC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PIC         SIC         TIC         WIC         YIC         VIC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 
#>         ALC         RLC         NLC         DLC         CLC         ELC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QLC         GLC         HLC         ILC         LLC         KLC 
#> 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 
#>         MLC         FLC         PLC         SLC         TLC         WLC 
#> 0.001785714 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#>         NMC         DMC         CMC         EMC         QMC         GMC 
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#>         AFC         RFC         NFC         DFC         CFC         EFC 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MFC         FFC         PFC         SFC         TFC         WFC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         YFC         VFC         APC         RPC         NPC         DPC 
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#>         CPC         EPC         QPC         GPC         HPC         IPC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         LPC         KPC         MPC         FPC         PPC         SPC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TPC         WPC         YPC         VPC         ASC         RSC 
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#>         NSC         DSC         CSC         ESC         QSC         GSC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HSC         ISC         LSC         KSC         MSC         FSC 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
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#> 0.001785714 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#> 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MTC         FTC         PTC         STC         TTC         WTC 
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#>         NYC         DYC         CYC         EYC         QYC         GYC 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#> 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 
#>         YVC         VVC         AAE         RAE         NAE         DAE 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         CAE         EAE         QAE         GAE         HAE         IAE 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         LAE         KAE         MAE         FAE         PAE         SAE 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TAE         WAE         YAE         VAE         ARE         RRE 
#> 0.001785714 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         NRE         DRE         CRE         ERE         QRE         GRE 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         HRE         IRE         LRE         KRE         MRE         FRE 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PRE         SRE         TRE         WRE         YRE         VRE 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         ANE         RNE         NNE         DNE         CNE         ENE 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QNE         GNE         HNE         INE         LNE         KNE 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#>         AFF         RFF         NFF         DFF         CFF         EFF 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         PCP         SCP         TCP         WCP         YCP         VCP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         AEP         REP         NEP         DEP         CEP         EEP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         QEP         GEP         HEP         IEP         LEP         KEP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MEP         FEP         PEP         SEP         TEP         WEP 
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#>         YEP         VEP         AQP         RQP         NQP         DQP 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         LQP         KQP         MQP         FQP         PQP         SQP 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.003571429 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         AHP         RHP         NHP         DHP         CHP         EHP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
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#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         MHP         FHP         PHP         SHP         THP         WHP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.001785714 0.000000000 0.000000000 
#>         YHP         VHP         AIP         RIP         NIP         DIP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         CIP         EIP         QIP         GIP         HIP         IIP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         LIP         KIP         MIP         FIP         PIP         SIP 
#> 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 
#>         TIP         WIP         YIP         VIP         ALP         RLP 
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#>         NLP         DLP         CLP         ELP         QLP         GLP 
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