Auto Cross Covariance (ACC) for Generating Scales-Based Descriptors of the Same Length
Source:R/misc-06-acc.R
ACC.RdThis function calculates the auto covariance and auto cross covariance for generating scale-based descriptors of the same length.
Value
A length lag * p^2 named vector, the element names are
constructed by: the scales index (crossed scales index) and lag index.
References
Wold, S., Jonsson, J., Sjorstrom, M., Sandberg, M., & Rannar, S. (1993). DNA and peptide sequences and chemical processes multivariately modelled by principal component analysis and partial least-squares projections to latent structures. Analytica chimica acta, 277(2), 239–253.
Sjostrom, M., Rannar, S., & Wieslander, A. (1995). Polypeptide sequence property relationships in Escherichia coli based on auto cross covariances. Chemometrics and intelligent laboratory systems, 29(2), 295–305.
See also
See extractScales for scales-based descriptors.
For more details, see extractDescScales
and extractProtFP.
Author
Nan Xiao <https://nanx.me>
Examples
p <- 8 # p is the scales number
n <- 200 # n is the amino acid number
lag <- 7 # the lag paramter
mat <- matrix(rnorm(p * n), nrow = p, ncol = n)
acc(mat, lag)
#> scl1.lag1 scl2.lag1 scl3.lag1 scl4.lag1 scl5.lag1
#> 0.0750749167 0.0848505337 -0.0615447044 0.0098169196 -0.0189978812
#> scl6.lag1 scl7.lag1 scl8.lag1 scl1.lag2 scl2.lag2
#> -0.0375747208 -0.0296800547 0.0121787322 -0.0205410613 -0.0571280738
#> scl3.lag2 scl4.lag2 scl5.lag2 scl6.lag2 scl7.lag2
#> 0.0344969761 0.0025624596 0.0309846123 0.0808168198 0.0387693626
#> scl8.lag2 scl1.lag3 scl2.lag3 scl3.lag3 scl4.lag3
#> 0.0633576732 -0.0229616567 -0.0828736603 -0.0337376129 0.0669482854
#> scl5.lag3 scl6.lag3 scl7.lag3 scl8.lag3 scl1.lag4
#> -0.1426241178 -0.0211844688 0.0011674845 0.0480043743 -0.1180292423
#> scl2.lag4 scl3.lag4 scl4.lag4 scl5.lag4 scl6.lag4
#> -0.0154076726 0.0201476982 -0.0025319687 0.0434883557 -0.0714196814
#> scl7.lag4 scl8.lag4 scl1.lag5 scl2.lag5 scl3.lag5
#> 0.0500182575 -0.0186436259 -0.0143916861 0.0031414177 -0.1784597170
#> scl4.lag5 scl5.lag5 scl6.lag5 scl7.lag5 scl8.lag5
#> 0.0240363479 0.0957533338 0.0111294811 0.0768656315 0.0320514172
#> scl1.lag6 scl2.lag6 scl3.lag6 scl4.lag6 scl5.lag6
#> 0.1091659678 -0.0149953903 -0.0126056597 -0.0120725838 0.0605767745
#> scl6.lag6 scl7.lag6 scl8.lag6 scl1.lag7 scl2.lag7
#> -0.0620945185 -0.0716845218 -0.0951027579 -0.0255788936 -0.1110512460
#> scl3.lag7 scl4.lag7 scl5.lag7 scl6.lag7 scl7.lag7
#> -0.0170336554 -0.0414674213 -0.1149259816 -0.0395082043 -0.0354321255
#> scl8.lag7 scl1.2.lag1 scl1.3.lag1 scl1.4.lag1 scl1.5.lag1
#> 0.0801397400 -0.0248520229 -0.1272264150 -0.0194550487 0.0244147745
#> scl1.6.lag1 scl1.7.lag1 scl1.8.lag1 scl2.3.lag1 scl2.4.lag1
#> 0.1364954100 0.0810963565 0.0628289327 -0.1373782473 0.1061819325
#> scl2.5.lag1 scl2.6.lag1 scl2.7.lag1 scl2.8.lag1 scl3.4.lag1
#> 0.0363968716 0.0682951550 0.0282681954 0.0395000265 0.0053039786
#> scl3.5.lag1 scl3.6.lag1 scl3.7.lag1 scl3.8.lag1 scl4.5.lag1
#> 0.0235548245 -0.0405076958 0.0024245140 -0.1438209269 -0.0867089780
#> scl4.6.lag1 scl4.7.lag1 scl4.8.lag1 scl5.6.lag1 scl5.7.lag1
#> 0.0111226025 0.0308991138 -0.0280348217 0.0783131387 -0.0382110878
#> scl5.8.lag1 scl6.7.lag1 scl6.8.lag1 scl7.8.lag1 scl2.1.lag1
#> 0.0442062932 0.0483991073 -0.1156126079 0.0457847522 -0.0159129553
#> scl3.1.lag1 scl4.1.lag1 scl5.1.lag1 scl6.1.lag1 scl7.1.lag1
#> -0.0736723855 -0.0154592482 -0.0006653833 0.0048535984 0.0540377815
#> scl8.1.lag1 scl3.2.lag1 scl4.2.lag1 scl5.2.lag1 scl6.2.lag1
#> 0.0602021453 -0.0503742017 0.0503980764 -0.0180560269 -0.1057703181
#> scl7.2.lag1 scl8.2.lag1 scl4.3.lag1 scl5.3.lag1 scl6.3.lag1
#> -0.0958068703 -0.0468550924 -0.0599732167 -0.0347883872 -0.1177173540
#> scl7.3.lag1 scl8.3.lag1 scl5.4.lag1 scl6.4.lag1 scl7.4.lag1
#> 0.0183715897 -0.0396960498 0.0296899517 0.0794404014 -0.0256318960
#> scl8.4.lag1 scl6.5.lag1 scl7.5.lag1 scl8.5.lag1 scl7.6.lag1
#> -0.0186809704 0.0539064902 0.0992498020 -0.0138968429 0.0515905318
#> scl8.6.lag1 scl8.7.lag1 scl1.2.lag2 scl1.3.lag2 scl1.4.lag2
#> -0.1111030464 0.1069783463 -0.0054025200 0.0860211900 -0.0853655653
#> scl1.5.lag2 scl1.6.lag2 scl1.7.lag2 scl1.8.lag2 scl2.3.lag2
#> -0.0939460104 -0.0076773992 -0.0217498418 -0.0421976879 0.0854115319
#> scl2.4.lag2 scl2.5.lag2 scl2.6.lag2 scl2.7.lag2 scl2.8.lag2
#> -0.0795411608 -0.0180841784 -0.0768465511 0.0083596326 0.0331801882
#> scl3.4.lag2 scl3.5.lag2 scl3.6.lag2 scl3.7.lag2 scl3.8.lag2
#> -0.0508366317 -0.0634185584 0.0804733452 -0.0796886568 -0.0923995923
#> scl4.5.lag2 scl4.6.lag2 scl4.7.lag2 scl4.8.lag2 scl5.6.lag2
#> -0.0602184565 0.0703893071 0.0049776687 0.0593312119 -0.0104019935
#> scl5.7.lag2 scl5.8.lag2 scl6.7.lag2 scl6.8.lag2 scl7.8.lag2
#> -0.0292711560 -0.1061338052 0.0231934375 0.1089184942 0.0703087156
#> scl2.1.lag2 scl3.1.lag2 scl4.1.lag2 scl5.1.lag2 scl6.1.lag2
#> 0.0516312411 -0.1043995745 -0.0396162383 0.0750264819 -0.0474724011
#> scl7.1.lag2 scl8.1.lag2 scl3.2.lag2 scl4.2.lag2 scl5.2.lag2
#> 0.1264689864 -0.0883531949 -0.0004002042 0.0095663206 0.0155890181
#> scl6.2.lag2 scl7.2.lag2 scl8.2.lag2 scl4.3.lag2 scl5.3.lag2
#> -0.0113007563 0.0821423236 -0.0150505784 -0.0514835863 -0.0257126744
#> scl6.3.lag2 scl7.3.lag2 scl8.3.lag2 scl5.4.lag2 scl6.4.lag2
#> 0.0053087059 -0.0266620435 0.1190891308 0.1059167046 0.0195010132
#> scl7.4.lag2 scl8.4.lag2 scl6.5.lag2 scl7.5.lag2 scl8.5.lag2
#> -0.0203161213 0.0647378446 -0.0228588509 -0.0512710616 0.0783432455
#> scl7.6.lag2 scl8.6.lag2 scl8.7.lag2 scl1.2.lag3 scl1.3.lag3
#> 0.0004213126 -0.0579852956 -0.0542145921 0.0248967930 -0.0552462046
#> scl1.4.lag3 scl1.5.lag3 scl1.6.lag3 scl1.7.lag3 scl1.8.lag3
#> 0.0807094268 -0.0096928333 0.0235028642 -0.0151401348 0.1592056144
#> scl2.3.lag3 scl2.4.lag3 scl2.5.lag3 scl2.6.lag3 scl2.7.lag3
#> -0.0196500485 -0.0890580458 -0.0247318313 -0.0556488619 0.0154648545
#> scl2.8.lag3 scl3.4.lag3 scl3.5.lag3 scl3.6.lag3 scl3.7.lag3
#> 0.1365196091 0.0040679927 -0.0281934196 0.0860517445 0.0281057099
#> scl3.8.lag3 scl4.5.lag3 scl4.6.lag3 scl4.7.lag3 scl4.8.lag3
#> -0.1082216186 0.0273566333 0.0790254261 0.0210287059 -0.0581457923
#> scl5.6.lag3 scl5.7.lag3 scl5.8.lag3 scl6.7.lag3 scl6.8.lag3
#> 0.0224607887 0.0111080549 -0.0722774820 0.1151019796 -0.0969365318
#> scl7.8.lag3 scl2.1.lag3 scl3.1.lag3 scl4.1.lag3 scl5.1.lag3
#> 0.0856048969 0.1625402466 0.1272119736 0.0325247926 -0.0130680984
#> scl6.1.lag3 scl7.1.lag3 scl8.1.lag3 scl3.2.lag3 scl4.2.lag3
#> -0.0925062200 0.0141291333 0.0095810294 0.0291313074 0.1436421609
#> scl5.2.lag3 scl6.2.lag3 scl7.2.lag3 scl8.2.lag3 scl4.3.lag3
#> 0.0237038914 -0.1001886690 0.0125506867 -0.0241819506 0.0555041641
#> scl5.3.lag3 scl6.3.lag3 scl7.3.lag3 scl8.3.lag3 scl5.4.lag3
#> 0.1236825335 -0.0128199418 -0.0912686730 0.1200237984 0.1233580114
#> scl6.4.lag3 scl7.4.lag3 scl8.4.lag3 scl6.5.lag3 scl7.5.lag3
#> -0.0423884183 0.0601168342 0.0764057694 0.0702884281 0.0492540633
#> scl8.5.lag3 scl7.6.lag3 scl8.6.lag3 scl8.7.lag3 scl1.2.lag4
#> -0.1512475609 -0.0163364225 -0.0214162689 -0.0574113144 -0.0031114011
#> scl1.3.lag4 scl1.4.lag4 scl1.5.lag4 scl1.6.lag4 scl1.7.lag4
#> 0.0373914150 0.0045055289 -0.0555754655 0.0093731852 0.0482270648
#> scl1.8.lag4 scl2.3.lag4 scl2.4.lag4 scl2.5.lag4 scl2.6.lag4
#> 0.1152183037 -0.0173228180 -0.0305631577 0.0211728647 0.1336502105
#> scl2.7.lag4 scl2.8.lag4 scl3.4.lag4 scl3.5.lag4 scl3.6.lag4
#> 0.0204202222 0.0346654919 0.0313058704 -0.0481720109 -0.0892439439
#> scl3.7.lag4 scl3.8.lag4 scl4.5.lag4 scl4.6.lag4 scl4.7.lag4
#> -0.0492653269 0.0141581774 -0.0279323650 0.1025730401 0.0016526276
#> scl4.8.lag4 scl5.6.lag4 scl5.7.lag4 scl5.8.lag4 scl6.7.lag4
#> -0.0009027473 -0.0073437973 -0.0807967268 -0.0283610933 0.0599505687
#> scl6.8.lag4 scl7.8.lag4 scl2.1.lag4 scl3.1.lag4 scl4.1.lag4
#> 0.0233566354 0.0814850502 -0.0396266605 -0.0035028165 0.0124356262
#> scl5.1.lag4 scl6.1.lag4 scl7.1.lag4 scl8.1.lag4 scl3.2.lag4
#> -0.0130836106 -0.0815037803 0.0061831199 -0.1326869521 -0.0220830355
#> scl4.2.lag4 scl5.2.lag4 scl6.2.lag4 scl7.2.lag4 scl8.2.lag4
#> 0.0434228525 0.0110804228 0.0955020475 0.0679545619 -0.0867197996
#> scl4.3.lag4 scl5.3.lag4 scl6.3.lag4 scl7.3.lag4 scl8.3.lag4
#> -0.1455640029 0.0196687714 -0.0045710613 -0.0817822125 0.0312150122
#> scl5.4.lag4 scl6.4.lag4 scl7.4.lag4 scl8.4.lag4 scl6.5.lag4
#> 0.0063292442 0.0291248548 -0.0075790280 0.0688577286 0.1595466307
#> scl7.5.lag4 scl8.5.lag4 scl7.6.lag4 scl8.6.lag4 scl8.7.lag4
#> 0.0092456656 0.0081026916 0.1316805433 0.1178220996 -0.0521615101
#> scl1.2.lag5 scl1.3.lag5 scl1.4.lag5 scl1.5.lag5 scl1.6.lag5
#> -0.0440540679 -0.0250678264 -0.0322170510 0.0186735058 -0.0415203229
#> scl1.7.lag5 scl1.8.lag5 scl2.3.lag5 scl2.4.lag5 scl2.5.lag5
#> 0.0291200215 -0.0002804389 -0.0385342430 0.0412550039 -0.0299134961
#> scl2.6.lag5 scl2.7.lag5 scl2.8.lag5 scl3.4.lag5 scl3.5.lag5
#> -0.0508337255 -0.0292301645 0.0244460858 -0.1987400288 0.0364009358
#> scl3.6.lag5 scl3.7.lag5 scl3.8.lag5 scl4.5.lag5 scl4.6.lag5
#> 0.0052617139 0.0786639496 0.0152617383 0.0170291513 0.0046948882
#> scl4.7.lag5 scl4.8.lag5 scl5.6.lag5 scl5.7.lag5 scl5.8.lag5
#> 0.0094720140 -0.0288440229 -0.0292318008 0.0893239179 -0.0123649547
#> scl6.7.lag5 scl6.8.lag5 scl7.8.lag5 scl2.1.lag5 scl3.1.lag5
#> -0.0207190257 0.0457774991 0.0599270771 0.0268403679 -0.0597575679
#> scl4.1.lag5 scl5.1.lag5 scl6.1.lag5 scl7.1.lag5 scl8.1.lag5
#> 0.0198972704 -0.0957971776 0.1065109004 0.1649254199 -0.1394064931
#> scl3.2.lag5 scl4.2.lag5 scl5.2.lag5 scl6.2.lag5 scl7.2.lag5
#> -0.0235809384 -0.0045086385 -0.0720961823 0.1903239351 -0.0629214479
#> scl8.2.lag5 scl4.3.lag5 scl5.3.lag5 scl6.3.lag5 scl7.3.lag5
#> -0.0019108549 -0.0590843100 -0.0661819079 0.0707373080 0.0027763209
#> scl8.3.lag5 scl5.4.lag5 scl6.4.lag5 scl7.4.lag5 scl8.4.lag5
#> 0.0688539702 0.0147834844 0.0964657129 0.0870268781 0.0098427634
#> scl6.5.lag5 scl7.5.lag5 scl8.5.lag5 scl7.6.lag5 scl8.6.lag5
#> -0.0113288400 -0.0393408144 -0.0394333532 -0.1046570959 -0.0054636931
#> scl8.7.lag5 scl1.2.lag6 scl1.3.lag6 scl1.4.lag6 scl1.5.lag6
#> 0.0567874847 0.0192822661 0.0048684463 0.0923967279 0.0389993664
#> scl1.6.lag6 scl1.7.lag6 scl1.8.lag6 scl2.3.lag6 scl2.4.lag6
#> -0.0640241149 -0.0044147355 -0.0071742657 0.1319565048 0.1015062142
#> scl2.5.lag6 scl2.6.lag6 scl2.7.lag6 scl2.8.lag6 scl3.4.lag6
#> -0.0191537334 -0.0825288547 -0.0311186438 -0.0416762375 -0.0123191693
#> scl3.5.lag6 scl3.6.lag6 scl3.7.lag6 scl3.8.lag6 scl4.5.lag6
#> 0.0278724264 0.0804889755 0.0258253637 -0.0966050140 -0.0103958704
#> scl4.6.lag6 scl4.7.lag6 scl4.8.lag6 scl5.6.lag6 scl5.7.lag6
#> 0.0625276653 -0.0651988992 0.0082932702 0.0092559623 -0.0655063851
#> scl5.8.lag6 scl6.7.lag6 scl6.8.lag6 scl7.8.lag6 scl2.1.lag6
#> 0.0097800484 -0.0732940516 -0.0466052207 0.0697716411 -0.1123779546
#> scl3.1.lag6 scl4.1.lag6 scl5.1.lag6 scl6.1.lag6 scl7.1.lag6
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