Auto Cross Covariance (ACC) for Generating Scales-Based Descriptors of the Same Length
Source:R/misc-06-acc.R
ACC.RdThis function calculates the auto covariance and auto cross covariance for generating scale-based descriptors of the same length.
Arguments
- mat
A
p * nmatrix. Each row represents one scale (totalpscales), each column represents one amino acid position (totalnamino acids).- lag
The lag parameter. Must be less than the amino acids.
Value
A length lag * p^2 named vector, the element names are
constructed by: the scales index (crossed scales index) and lag index.
References
Wold, S., Jonsson, J., Sjorstrom, M., Sandberg, M., & Rannar, S. (1993). DNA and peptide sequences and chemical processes multivariately modelled by principal component analysis and partial least-squares projections to latent structures. Analytica chimica acta, 277(2), 239--253.
Sjostrom, M., Rannar, S., & Wieslander, A. (1995). Polypeptide sequence property relationships in Escherichia coli based on auto cross covariances. Chemometrics and intelligent laboratory systems, 29(2), 295--305.
See also
See extractScales for scales-based descriptors.
For more details, see extractDescScales
and extractProtFP.
Author
Nan Xiao <https://nanx.me>
Examples
p <- 8 # p is the scales number
n <- 200 # n is the amino acid number
lag <- 7 # the lag paramter
mat <- matrix(rnorm(p * n), nrow = p, ncol = n)
acc(mat, lag)
#> scl1.lag1 scl2.lag1 scl3.lag1 scl4.lag1 scl5.lag1
#> -1.014626e-02 -4.689789e-02 -2.692515e-02 1.647534e-02 9.724370e-02
#> scl6.lag1 scl7.lag1 scl8.lag1 scl1.lag2 scl2.lag2
#> 7.484145e-02 -7.700089e-02 5.507884e-03 1.177610e-02 5.797200e-02
#> scl3.lag2 scl4.lag2 scl5.lag2 scl6.lag2 scl7.lag2
#> 2.777720e-02 7.371168e-02 -3.096055e-02 -6.863102e-02 5.809776e-02
#> scl8.lag2 scl1.lag3 scl2.lag3 scl3.lag3 scl4.lag3
#> 4.190925e-03 -1.620536e-01 -1.914391e-03 5.151140e-03 4.239143e-02
#> scl5.lag3 scl6.lag3 scl7.lag3 scl8.lag3 scl1.lag4
#> -3.490024e-02 -8.021212e-02 -4.018082e-02 6.264454e-02 2.969457e-02
#> scl2.lag4 scl3.lag4 scl4.lag4 scl5.lag4 scl6.lag4
#> -7.984651e-02 4.907431e-02 -1.382956e-02 -1.340997e-01 -4.668484e-02
#> scl7.lag4 scl8.lag4 scl1.lag5 scl2.lag5 scl3.lag5
#> 2.855372e-02 -2.130800e-03 8.552905e-02 9.787946e-03 7.878780e-02
#> scl4.lag5 scl5.lag5 scl6.lag5 scl7.lag5 scl8.lag5
#> 3.191921e-02 -2.942088e-02 4.191549e-02 -1.930977e-01 1.801244e-02
#> scl1.lag6 scl2.lag6 scl3.lag6 scl4.lag6 scl5.lag6
#> 8.467722e-02 -4.763093e-02 -9.402049e-02 -1.060703e-01 1.122288e-01
#> scl6.lag6 scl7.lag6 scl8.lag6 scl1.lag7 scl2.lag7
#> -1.474603e-02 6.833816e-04 -2.074423e-02 -7.696818e-02 -3.507624e-02
#> scl3.lag7 scl4.lag7 scl5.lag7 scl6.lag7 scl7.lag7
#> -3.618370e-02 8.265259e-02 -1.182280e-02 -1.087773e-01 -4.273125e-02
#> scl8.lag7 scl1.2.lag1 scl1.3.lag1 scl1.4.lag1 scl1.5.lag1
#> -4.820032e-02 9.072186e-02 -4.034793e-02 3.855694e-02 3.272032e-02
#> scl1.6.lag1 scl1.7.lag1 scl1.8.lag1 scl2.3.lag1 scl2.4.lag1
#> 3.445096e-02 -2.929789e-02 1.288788e-01 4.403265e-02 -1.214084e-01
#> scl2.5.lag1 scl2.6.lag1 scl2.7.lag1 scl2.8.lag1 scl3.4.lag1
#> -4.718246e-02 1.498830e-02 -3.510517e-03 2.588731e-02 3.759873e-02
#> scl3.5.lag1 scl3.6.lag1 scl3.7.lag1 scl3.8.lag1 scl4.5.lag1
#> 1.041074e-01 9.830565e-02 -2.995253e-02 -4.107438e-03 -8.757631e-02
#> scl4.6.lag1 scl4.7.lag1 scl4.8.lag1 scl5.6.lag1 scl5.7.lag1
#> -9.577378e-03 1.003160e-01 6.609862e-02 -4.093969e-02 -1.337836e-01
#> scl5.8.lag1 scl6.7.lag1 scl6.8.lag1 scl7.8.lag1 scl2.1.lag1
#> -3.133033e-02 -1.163018e-01 8.296535e-02 2.601980e-02 4.565739e-02
#> scl3.1.lag1 scl4.1.lag1 scl5.1.lag1 scl6.1.lag1 scl7.1.lag1
#> 1.010374e-01 -3.934506e-02 -3.167190e-02 -4.123814e-02 -1.036662e-01
#> scl8.1.lag1 scl3.2.lag1 scl4.2.lag1 scl5.2.lag1 scl6.2.lag1
#> 1.102415e-01 4.812668e-02 -1.014820e-01 -7.001576e-02 -3.997563e-04
#> scl7.2.lag1 scl8.2.lag1 scl4.3.lag1 scl5.3.lag1 scl6.3.lag1
#> -7.309766e-02 -2.621820e-02 1.148827e-01 1.541341e-01 4.523372e-02
#> scl7.3.lag1 scl8.3.lag1 scl5.4.lag1 scl6.4.lag1 scl7.4.lag1
#> -1.500824e-01 2.905324e-02 5.775549e-02 6.885754e-02 3.235401e-02
#> scl8.4.lag1 scl6.5.lag1 scl7.5.lag1 scl8.5.lag1 scl7.6.lag1
#> -5.394662e-02 2.923125e-03 -1.001891e-01 -2.537464e-02 -2.821271e-02
#> scl8.6.lag1 scl8.7.lag1 scl1.2.lag2 scl1.3.lag2 scl1.4.lag2
#> 4.127258e-02 -4.412768e-02 -1.829914e-02 -2.753872e-02 -1.034009e-01
#> scl1.5.lag2 scl1.6.lag2 scl1.7.lag2 scl1.8.lag2 scl2.3.lag2
#> 4.420047e-03 3.396719e-02 1.309730e-01 1.084799e-01 2.735404e-02
#> scl2.4.lag2 scl2.5.lag2 scl2.6.lag2 scl2.7.lag2 scl2.8.lag2
#> 8.781395e-02 -1.045412e-01 -9.428870e-02 -1.798644e-02 -3.550348e-02
#> scl3.4.lag2 scl3.5.lag2 scl3.6.lag2 scl3.7.lag2 scl3.8.lag2
#> 7.206837e-02 -4.099878e-03 1.096715e-03 -7.730774e-02 5.162370e-02
#> scl4.5.lag2 scl4.6.lag2 scl4.7.lag2 scl4.8.lag2 scl5.6.lag2
#> 1.367656e-02 -3.298740e-02 1.290353e-01 6.666055e-02 -3.461625e-02
#> scl5.7.lag2 scl5.8.lag2 scl6.7.lag2 scl6.8.lag2 scl7.8.lag2
#> 9.996531e-02 -8.396944e-02 6.112895e-02 -8.136800e-02 -6.971209e-02
#> scl2.1.lag2 scl3.1.lag2 scl4.1.lag2 scl5.1.lag2 scl6.1.lag2
#> -1.846996e-02 -4.372762e-02 8.690213e-02 4.804077e-02 9.540462e-04
#> scl7.1.lag2 scl8.1.lag2 scl3.2.lag2 scl4.2.lag2 scl5.2.lag2
#> 2.965491e-02 -9.818870e-02 -2.112124e-03 -4.883648e-02 1.451089e-01
#> scl6.2.lag2 scl7.2.lag2 scl8.2.lag2 scl4.3.lag2 scl5.3.lag2
#> 8.361294e-02 -4.952688e-02 1.852868e-02 -5.045060e-02 7.113146e-02
#> scl6.3.lag2 scl7.3.lag2 scl8.3.lag2 scl5.4.lag2 scl6.4.lag2
#> 4.344614e-02 -2.519331e-03 4.097570e-02 7.662437e-02 3.948970e-02
#> scl7.4.lag2 scl8.4.lag2 scl6.5.lag2 scl7.5.lag2 scl8.5.lag2
#> -1.316233e-01 -2.391191e-02 5.628492e-02 -8.817427e-02 -3.587799e-02
#> scl7.6.lag2 scl8.6.lag2 scl8.7.lag2 scl1.2.lag3 scl1.3.lag3
#> -2.501454e-03 2.470557e-02 -5.544666e-02 2.189575e-02 2.256658e-02
#> scl1.4.lag3 scl1.5.lag3 scl1.6.lag3 scl1.7.lag3 scl1.8.lag3
#> -4.442616e-02 -1.587000e-02 1.730559e-02 1.373491e-02 9.869325e-03
#> scl2.3.lag3 scl2.4.lag3 scl2.5.lag3 scl2.6.lag3 scl2.7.lag3
#> 1.082218e-01 -1.050241e-01 -7.049303e-02 7.566065e-02 1.593674e-03
#> scl2.8.lag3 scl3.4.lag3 scl3.5.lag3 scl3.6.lag3 scl3.7.lag3
#> 1.589099e-02 7.996965e-02 2.445346e-02 8.723594e-02 -9.814877e-02
#> scl3.8.lag3 scl4.5.lag3 scl4.6.lag3 scl4.7.lag3 scl4.8.lag3
#> -1.907348e-02 -1.283348e-01 -1.051488e-01 4.423537e-02 6.285219e-02
#> scl5.6.lag3 scl5.7.lag3 scl5.8.lag3 scl6.7.lag3 scl6.8.lag3
#> 2.435132e-02 -5.038947e-02 9.147137e-02 -8.602451e-03 -9.754225e-02
#> scl7.8.lag3 scl2.1.lag3 scl3.1.lag3 scl4.1.lag3 scl5.1.lag3
#> 4.795032e-03 3.563519e-02 6.424525e-03 -1.372916e-01 -8.136544e-02
#> scl6.1.lag3 scl7.1.lag3 scl8.1.lag3 scl3.2.lag3 scl4.2.lag3
#> 2.392972e-04 -8.045395e-02 -5.663838e-02 -1.326506e-02 -2.952993e-02
#> scl5.2.lag3 scl6.2.lag3 scl7.2.lag3 scl8.2.lag3 scl4.3.lag3
#> 4.738841e-04 -7.433937e-02 8.054848e-02 3.764598e-02 -6.196252e-02
#> scl5.3.lag3 scl6.3.lag3 scl7.3.lag3 scl8.3.lag3 scl5.4.lag3
#> -3.336751e-02 -6.633212e-03 -7.027689e-02 -2.005246e-04 -4.974386e-02
#> scl6.4.lag3 scl7.4.lag3 scl8.4.lag3 scl6.5.lag3 scl7.5.lag3
#> 4.039876e-02 -7.930518e-02 5.055768e-02 1.667628e-01 1.295357e-01
#> scl8.5.lag3 scl7.6.lag3 scl8.6.lag3 scl8.7.lag3 scl1.2.lag4
#> 5.501598e-02 2.527351e-02 1.634447e-01 5.991775e-02 6.803580e-03
#> scl1.3.lag4 scl1.4.lag4 scl1.5.lag4 scl1.6.lag4 scl1.7.lag4
#> -8.177647e-02 -3.367828e-02 -5.736340e-02 -9.135188e-02 -4.004469e-02
#> scl1.8.lag4 scl2.3.lag4 scl2.4.lag4 scl2.5.lag4 scl2.6.lag4
#> -6.371581e-03 5.606253e-02 3.023385e-02 9.332307e-02 1.703150e-01
#> scl2.7.lag4 scl2.8.lag4 scl3.4.lag4 scl3.5.lag4 scl3.6.lag4
#> 5.389973e-02 9.713901e-02 9.197559e-02 1.690463e-01 -6.529361e-02
#> scl3.7.lag4 scl3.8.lag4 scl4.5.lag4 scl4.6.lag4 scl4.7.lag4
#> -4.243294e-03 7.388237e-02 -1.365675e-01 1.577828e-02 5.854146e-02
#> scl4.8.lag4 scl5.6.lag4 scl5.7.lag4 scl5.8.lag4 scl6.7.lag4
#> 1.647634e-02 4.134614e-02 2.087563e-02 2.770891e-02 -2.279915e-02
#> scl6.8.lag4 scl7.8.lag4 scl2.1.lag4 scl3.1.lag4 scl4.1.lag4
#> -3.585366e-02 2.065098e-02 1.424844e-01 8.308389e-03 -4.552844e-03
#> scl5.1.lag4 scl6.1.lag4 scl7.1.lag4 scl8.1.lag4 scl3.2.lag4
#> -4.353104e-05 -1.186247e-02 -3.916131e-02 1.712992e-02 1.021958e-01
#> scl4.2.lag4 scl5.2.lag4 scl6.2.lag4 scl7.2.lag4 scl8.2.lag4
#> 1.142540e-01 -9.140194e-03 -6.561867e-02 9.564153e-02 7.441308e-02
#> scl4.3.lag4 scl5.3.lag4 scl6.3.lag4 scl7.3.lag4 scl8.3.lag4
#> -6.693345e-02 -2.296764e-02 2.599986e-02 2.201391e-02 2.193636e-02
#> scl5.4.lag4 scl6.4.lag4 scl7.4.lag4 scl8.4.lag4 scl6.5.lag4
#> 1.455573e-01 1.310553e-01 -1.036613e-01 -6.369097e-02 -5.003286e-02
#> scl7.5.lag4 scl8.5.lag4 scl7.6.lag4 scl8.6.lag4 scl8.7.lag4
#> 2.493700e-02 5.808592e-03 -1.288403e-02 2.246542e-02 -1.551220e-01
#> scl1.2.lag5 scl1.3.lag5 scl1.4.lag5 scl1.5.lag5 scl1.6.lag5
#> -4.918705e-02 9.181147e-02 -1.645229e-04 -3.704220e-02 -7.805927e-02
#> scl1.7.lag5 scl1.8.lag5 scl2.3.lag5 scl2.4.lag5 scl2.5.lag5
#> 1.163643e-01 2.498178e-02 -1.763281e-02 4.081747e-02 -4.399147e-03
#> scl2.6.lag5 scl2.7.lag5 scl2.8.lag5 scl3.4.lag5 scl3.5.lag5
#> 5.879293e-02 -3.103823e-03 2.093428e-02 7.314053e-02 -1.531432e-01
#> scl3.6.lag5 scl3.7.lag5 scl3.8.lag5 scl4.5.lag5 scl4.6.lag5
#> -7.230911e-02 9.272714e-02 -6.402741e-02 1.625264e-02 2.102454e-02
#> scl4.7.lag5 scl4.8.lag5 scl5.6.lag5 scl5.7.lag5 scl5.8.lag5
#> -1.132282e-01 -9.877661e-02 -2.540298e-02 -2.729005e-02 -2.303502e-02
#> scl6.7.lag5 scl6.8.lag5 scl7.8.lag5 scl2.1.lag5 scl3.1.lag5
#> -2.667938e-02 4.561081e-02 -1.956544e-01 -1.331554e-02 -5.113536e-02
#> scl4.1.lag5 scl5.1.lag5 scl6.1.lag5 scl7.1.lag5 scl8.1.lag5
#> -3.080750e-02 -5.806834e-02 2.991227e-02 -3.239143e-02 -4.126889e-02
#> scl3.2.lag5 scl4.2.lag5 scl5.2.lag5 scl6.2.lag5 scl7.2.lag5
#> -6.308123e-02 -9.039233e-03 -7.812553e-03 1.487613e-01 -1.115144e-01
#> scl8.2.lag5 scl4.3.lag5 scl5.3.lag5 scl6.3.lag5 scl7.3.lag5
#> 1.425205e-01 6.783791e-02 4.977117e-02 -8.917744e-03 -3.679629e-02
#> scl8.3.lag5 scl5.4.lag5 scl6.4.lag5 scl7.4.lag5 scl8.4.lag5
#> -1.766771e-03 8.767048e-02 4.206977e-02 1.384143e-02 1.738082e-03
#> scl6.5.lag5 scl7.5.lag5 scl8.5.lag5 scl7.6.lag5 scl8.6.lag5
#> 2.177773e-02 -6.917411e-02 1.602737e-02 -4.822309e-02 -1.190594e-02
#> scl8.7.lag5 scl1.2.lag6 scl1.3.lag6 scl1.4.lag6 scl1.5.lag6
#> -6.194225e-02 2.470740e-02 -6.069955e-02 9.024074e-03 1.028006e-01
#> scl1.6.lag6 scl1.7.lag6 scl1.8.lag6 scl2.3.lag6 scl2.4.lag6
#> 3.273739e-02 -9.077855e-02 1.574003e-02 -7.274030e-02 -2.341530e-02
#> scl2.5.lag6 scl2.6.lag6 scl2.7.lag6 scl2.8.lag6 scl3.4.lag6
#> 1.578845e-02 -7.166288e-02 6.383553e-02 -1.420652e-02 8.507359e-02
#> scl3.5.lag6 scl3.6.lag6 scl3.7.lag6 scl3.8.lag6 scl4.5.lag6
#> -3.052375e-02 1.231110e-01 -1.496741e-02 2.099733e-02 -1.121743e-01
#> scl4.6.lag6 scl4.7.lag6 scl4.8.lag6 scl5.6.lag6 scl5.7.lag6
#> -4.276103e-03 -1.949380e-02 -7.622341e-02 -4.937604e-03 5.710194e-03
#> scl5.8.lag6 scl6.7.lag6 scl6.8.lag6 scl7.8.lag6 scl2.1.lag6
#> 8.226911e-02 1.124395e-01 1.063482e-01 -1.907698e-02 8.616094e-02
#> scl3.1.lag6 scl4.1.lag6 scl5.1.lag6 scl6.1.lag6 scl7.1.lag6
#> 9.865814e-02 -2.312361e-02 -3.455099e-02 -3.096164e-02 4.662142e-02
#> scl8.1.lag6 scl3.2.lag6 scl4.2.lag6 scl5.2.lag6 scl6.2.lag6
#> 3.257820e-02 1.000918e-01 1.659531e-01 -4.281339e-03 -8.774312e-02
#> scl7.2.lag6 scl8.2.lag6 scl4.3.lag6 scl5.3.lag6 scl6.3.lag6
#> 4.154192e-02 -6.935180e-03 4.088713e-02 3.174958e-02 -2.481217e-02
#> scl7.3.lag6 scl8.3.lag6 scl5.4.lag6 scl6.4.lag6 scl7.4.lag6
#> 7.497311e-02 2.743034e-02 2.257679e-03 5.528845e-03 1.899622e-02
#> scl8.4.lag6 scl6.5.lag6 scl7.5.lag6 scl8.5.lag6 scl7.6.lag6
#> -2.146237e-02 -1.255438e-01 4.577646e-02 7.786086e-02 6.027946e-02
#> scl8.6.lag6 scl8.7.lag6 scl1.2.lag7 scl1.3.lag7 scl1.4.lag7
#> -4.806514e-02 -2.847502e-02 3.193948e-02 -3.720124e-03 -8.489616e-02
#> scl1.5.lag7 scl1.6.lag7 scl1.7.lag7 scl1.8.lag7 scl2.3.lag7
#> 1.868112e-02 9.167665e-02 -6.882979e-02 6.076987e-02 4.250670e-02
#> scl2.4.lag7 scl2.5.lag7 scl2.6.lag7 scl2.7.lag7 scl2.8.lag7
#> 5.911103e-02 5.108975e-02 -9.541006e-02 -4.186642e-02 2.501601e-02
#> scl3.4.lag7 scl3.5.lag7 scl3.6.lag7 scl3.7.lag7 scl3.8.lag7
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#> scl4.5.lag7 scl4.6.lag7 scl4.7.lag7 scl4.8.lag7 scl5.6.lag7
#> -1.187321e-01 7.877069e-02 6.309676e-02 -3.031132e-02 -4.266212e-02
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#> scl6.3.lag7 scl7.3.lag7 scl8.3.lag7 scl5.4.lag7 scl6.4.lag7
#> -4.405565e-02 2.825133e-02 -6.906910e-02 9.554245e-03 -3.502412e-02
#> scl7.4.lag7 scl8.4.lag7 scl6.5.lag7 scl7.5.lag7 scl8.5.lag7
#> -1.007280e-01 3.196162e-02 -2.285670e-01 5.462874e-02 -3.553518e-02
#> scl7.6.lag7 scl8.6.lag7 scl8.7.lag7
#> 3.798382e-02 1.101128e-01 9.460069e-02